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Séquençage du génome complet du SARS-CoV-2 et isolement en culture cellulaire au LRAM

Depuis l’apparition des premiers cas de COVID-19 en Chine à la fin du mois de Décembre 2019, le LRAM s’est intéressé au diagnostic biologique de cette maladie infectieuse. C’est ainsi qu’il a mis en place le test RT-PCR depuis la fin du mois de Janvier 2020, alors que l’Espagne venait de déclarer son premier cas le 31 décembre.

Dans le cadre de la mise en place de la stratégie nationale de lutte et de riposte contre cette pandémie, le LRAM participe à cet effort national par la réalisation de 400 à 500 tests RT-PCR quotidiennement.

Fort de ses compétences humaines et de son équipement de pointe, le LRAM a entrepris le séquençage haut débit du génome complet du SARS-CoV-2 devenant ainsi le 1er laboratoire marocain à réaliser cette prouesse. En effet, le 24/05/2020, le LRAM a procédé à la soumission dans la base de donnée GISAID (www.gisaid.org) du génome complet d’une taille de 29934 paires de bases sous le numéro d’accession EPI_ISL_451400.

Parallèlement, les résultats de ce séquençage font l’objet d’un article, intitulée « First Complete Genome Sequence of a 2019 Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) Strain Causing a COVID-19 Case in Morocco », qui a été soumis pour publication dans un journal scientifique de renommée internationale.

L’analyse phylogénique avec une sélection de génomes identifiés à travers le monde, a montré que le génome marocain est assez conservé par rapport  au SARS-CoV-2 d’origine, cependant il présente 10 variations qui sont en cours d’étude (voir Figure 1).

Ce séquençage haut débit du génome complet du Coronavirus responsable du COVID-19 au Maroc, permettra d’ouvrir de nouvelles approches diagnostique, thérapeutique et prophylactique.

Dans un cadre de recherche scientifique, et grâce à l’expertise de son Laboratoire de Culture Cellulaire, le LRAM a procédé à l’isolement du virus SARS-Cov-2 en culture cellulaire sur la lignée VERO entretenue au dit laboratoire.

La multiplication du virus se traduit par un effet cytopathogène (ECP) sur les cellules infectées apparaissant dans un délai de 24 à 72h en fonction de la charge virale. La culture a été prolongée jusqu’à 2 passages afin d’obtenir un bon titre viral.

L’isolement du virus a été réalisé au sein du Laboratoire de Confinement de Niveau 3 (PCL3), tout en respectant les bonnes pratiques de manipulation des pathogènes à haut risque.

 

Figure 2: Effet cytopathogène du virus SARS-CoV-2 observé par microscope inversé
a) cellules non infectées 

Figure 2: Effet cytopathogène du virus SARS-CoV-2 observé par microscope inversé
b) cellules infectées par le virus

Figure 1 : Arbre phylogénique

Microbiology Resource Announcements-2020-Lemriss-e00633-20.full