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Séquençage du génome complet du SARS-CoV-2 et isolement en culture cellulaire au LRAM

Depuis l’apparition des premiers cas de COVID-19 en Chine à la fin du mois de Décembre 2019, le LRAM s’est intéressé au diagnostic biologique de cette maladie infectieuse. C’est ainsi qu’il a mis en place le test RT-PCR depuis la fin du mois de Janvier 2020, alors que l’Espagne venait de déclarer son premier cas le 31 décembre.

Dans le cadre de la mise en place de la stratégie nationale de lutte et de riposte contre cette pandémie, le LRAM participe à cet effort national par la réalisation de 400 à 500 tests RT-PCR quotidiennement.

Fort de ses compétences humaines et de son équipement de pointe, le LRAM a entrepris le séquençage haut débit du génome complet du SARS-CoV-2 devenant ainsi le 1er laboratoire marocain à réaliser cette prouesse. En effet, le 24/05/2020, le LRAM a procédé à la soumission dans la base de donnée GISAID (www.gisaid.org) du génome complet d’une taille de 29934 paires de bases sous le numéro d’accession EPI_ISL_451400.

Parallèlement, les résultats de ce séquençage font l’objet d’un article, intitulée « First Complete Genome Sequence of a 2019 Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) Strain Causing a COVID-19 Case in Morocco », qui a été soumis pour publication dans un journal scientifique de renommée internationale.

L’analyse phylogénique avec une sélection de génomes identifiés à travers le monde, a montré que le génome marocain est assez conservé par rapport  au SARS-CoV-2 d’origine, cependant il présente 10 variations qui sont en cours d’étude (voir Figure 1).

Ce séquençage haut débit du génome complet du Coronavirus responsable du COVID-19 au Maroc, permettra d’ouvrir de nouvelles approches diagnostique, thérapeutique et prophylactique.

Dans un cadre de recherche scientifique, et grâce à l’expertise de son Laboratoire de Culture Cellulaire, le LRAM a procédé à l’isolement du virus SARS-Cov-2 en culture cellulaire sur la lignée VERO entretenue au dit laboratoire.

La multiplication du virus se traduit par un effet cytopathogène (ECP) sur les cellules infectées apparaissant dans un délai de 24 à 72h en fonction de la charge virale. La culture a été prolongée jusqu’à 2 passages afin d’obtenir un bon titre viral.

L’isolement du virus a été réalisé au sein du Laboratoire de Confinement de Niveau 3 (PCL3), tout en respectant les bonnes pratiques de manipulation des pathogènes à haut risque.

 

Figure 2: Effet cytopathogène du virus SARS-CoV-2 observé par microscope inversé
a) cellules non infectées 

Figure 2: Effet cytopathogène du virus SARS-CoV-2 observé par microscope inversé
b) cellules infectées par le virus

Figure 1 : Arbre phylogénique

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COVID-19 Informations

Chers clients,

Au vue de la Pandémie actuelle COVID-19, notre principale préoccupation est d’assurer au mieux notre activité tout en garantissant la sécurité de notre personnel et celle de nos clients. Cette mission revêt une importance capitale pour nous, pour cela diverses mesures ont été mises en place.

Ainsi, dans un souci de santé publique et afin de vous garantir un lieu de prélèvement remplissant toutes les conditions d’hygiène et de sécurité, nous sommes dans l’obligation de réduire le flux journalier de patients, et ce, jusqu’à ce que l’épidémie prenne fin.

Nous tenons à vous rappeler, que nous suivons de très près les actualités, et les recommandations indiquées, par le Ministère de la santé et l’Organisation Mondiale de la Santé, concernant la prévention de la propagation du Coronavirus SARS-COVID 2, et que nous ne ménageons aucun effort pour vous assurer une continuité de service de qualité dans ce contexte délicat.

Dans ce cadre, nous vous offrons la possibilité pour vos prélèvements de prendre rendez-vous par téléphone, en appelant le 05 37 67 41 00/02. De cette manière vous vous protègerez d’avantage et aiderez à protéger les personnes qui vous entourent.

Concernant la remise des résultats, nous vous offrons la possibilité de recevoir vos résultats par mail. Pour ce faire, il suffit d’en faire la demande par mail à l’adresse suivante : secmed@lram-fgr.ma en précisant l’objet de votre demande, votre numéro de dossier, votre nom et un numéro de téléphone joignable.

Nous vous remercions pour votre confiance et votre fidélité

Procédure de détection et de noti cation d’un cas d’infection par le MERS-CoV

Nouveaux examens d’Oncologie Moléculaire

Le LRAM a le plaisir de vous annoncer la mise en place de trois nouveaux examens d’Oncologie Moléculaire:

  • Recherche de mutation du gène KRAS
  • Recherche de mutation du gène EGFR
  • Recherche de mutation du gène BRAF
  • Le LRAM lance très prochainement un nouvel examen d’oncologie: Recherche de mutations des gènes BRCA1, BRCA2 et TP53 impliqués dans le cancer du sein et de l’ovaire « .

    European Quality Award

    Le Laboratoire de Recherche et d’Analyses Médicales de la Fraternelle de la Gendarmerie Royale ( LRAM ) a remporté le trophée « European Quality Award » lors de la conférence internationale « Excellence in Quality » organisée le 3 Juillet 2017 à Lucerne (Suisse) par : l’Europe Business Assembly ( Royaume-Uni ), le Socrates Committee ( Royaume-Uni ), l’Academic Union Oxford ( Royaume-Uni ), l’European Medical Association ( Belgique ) et la Swiss Institute of Quality Standards ( Suisse ).

    Nouvelles analyses

    Dosage des Acides Aminés et des Acylcarnitines pour le diagnostic des Maladies Héréditaires du Métabolisme (MHM) :

    Depuis Janvier 2016, le LRAM dispose d’une méthode validée par LCMSMS pour le dosage des acides aminés et des acylcarnitines permettant le diagnostic de plus de vingt maladies héréditaires du métabolisme.
    Grâce au progrès technologique de la Spectrométrie de masse en tandem couplée à l’HPLC, le diagnostic des maladies héréditaires du métabolisme (MHM) est actuellement possible à un stade présymptomatique, à partir d’une tache de sang déposé sur papier buvard.
    Cette technologie permet de réaliser le diagnostic :

    • des principales aminoacidopathies
    • de la plupart des déficits de la ß-oxydation mitochondriale des acides gras.
    • des aciduries organiques
    • des déficits du cycle de l’urée.

    Dosage des Immunosuppresseurs pour le Suivi Thérapeutique après une Transplantation d’Organes :

    Après une transplantation d’organes, le monitoring thérapeutique des immunosuppresseurs est essentiel dans la prise en charge des patients pour éviter le rejet des greffes. Cependant, ces molécules se caractérisent par la présence de multiples métabolites pouvant présenter un fort taux de réactions croisées lorsqu’elles sont analysées par les méthodes immunochimiques.
    Notre laboratoire, conscient des exigences du suivi thérapeutique, a développé une méthode de dosages de quatre immunosuppresseurs (ciclosporine, tacrolimus, sirolimus, éverolimus) par la Spectrométrie de masse en Tandem garantissant spécificité et fiabilité des résultats et se conformant ainsi aux recommandations des consensus internationaux.

    Marqueurs sérologiques spécifiques de diagnostic de certaines maladies auto-immunes:

    Autres nouveautés depuis le début de cette année 2016, le LRAM a mis en place des nouveaux marqueurs sérologiques spécifiques de diagnostic de certaines maladies auto-immunes :

    • Hépatite auto-immune et cirrhose biliaire primitive
    • Myosites et dermatomyosites
    • Vascularites systémiques

    Maladies de l’allergie alimentaire :

    Test au Trophallergènes chez l’enfant :

    • fx26 : Blanc d’œuf, lait de vache, arachide, moutarde
    • fx27 : Poisson, noisette, soja, blé
    • fx28 : Crevette, kiwi, bœuf, sésame

    Test au Trophallergènes chez l’adulte :

    • fx5 : Blanc d’œuf, lait de vache, poisson, arachide, soja, blé
    • fx24 : Noisette, crevette, kiwi, banane
    • fx25 : Graines de sésame, levure de bière, ail, céle